A agência denominacional é um ministério da igreja, servindo e apoiando não como um ministério a parte dela, mas um órgão que faz com que as igrejas locais cumpram a Grande Comissão.
A MCE é administrada por um Conselho Administrativo, nomeado pela MEAN PLENA, conforme o capítulo IV, Art 18º, item IX do Regimento da ICEB, com mandato de 4 anos, podendo ser renovado a critério da MEAN PLENA. Composto de Presidente, Vice-Presidente, 1º e 2º Secretários, 05(cinco) vogais.
Conselho de Administração – 2023/2026
Diretor Executivo: Pr. Jadir Siqueira
Igreja Cristã Evangélica Boas Novas – GO
Presidente: Pr. Carlos Eduardo Mello Barbosa
Igreja Cristã Evangélica de Anápolis – GO
1º Secretário: Pr. José Carlos Menezes
Igreja Cristã Evangélica Cruzeiro do Sul – GO
2º Secretário: Pr. Gilberto Eurípedes de Lima
Igreja Cristã Evangélica de Hidrolândia – GO
Vogal: Pr. Gilvane de Abreu Santos
Igreja Cristã Evangélica Betesda – DF
Vogal: Pr. Juscelino Januário Alves (in memoriam)
Igreja Cristã Evangélica de Brasilia – DF
Vogal: Ryan James Joy
2ª Igreja Cristã Evangélica de Anápolis
Vogal: Pablo Ferreira Bernardes
Igreja Cristã Evangélica Central de Goiânia – GO
Vogal: Pr. Philip Rout
Seminário Teológico Cristão Evangélico do Brasil
A MCE é constituída por membros doravante chamados missionários ou obreiros, indicados pelo Conselho Administrativo ou Diretor Executivo e aprovados em reunião do próprio Conselho Administrativo sendo essa sua atual formação.